1.异位尿道口

尿道口可异位于从正常尿道口近端至会阴部尿道的任何部位。

部分尿道口有轻度狭窄，其远端可以有黏膜样浅沟；如果尿道海绵体缺如，远端尿道常为膜状；尿道口位于阴茎体近端时尿线向后，患儿蹲位排尿。

2.阴茎下弯

即阴茎向腹侧弯曲，是尿道下裂伴随的严重问题，既影响外观也影响功能。国外尿道下裂合并明显阴茎下弯者约占35%，国内就诊患儿以中、重度下裂居多，阴茎下弯比例较高，下弯程度也较重。

按阴茎头与阴茎体纵轴的夹角，可将阴茎下弯分为：①轻度：小于15°；②中度：15°~35°；③重度：大于35°。

导致阴茎下弯的原因主要是，尿道口远端尿道板纤维组织增生，阴茎体尿道腹侧皮下各层组织缺乏，阴茎海绵体背、腹两侧不对称。

3.包皮的异常分布

阴茎头腹侧包皮因未能在中线融合，所以包皮系带缺如，包皮在阴茎头背侧呈帽状堆积。

伴发畸形 

腹股沟斜疝或鞘膜积液，以及睪丸下降不全是尿道下裂最常见的伴发畸形，各占约9%。重度尿道下裂患儿常合并阴茎、阴囊转位，也有合并阴茎扭转及小阴茎、重复尿道等。其他畸形中，以前列腺囊最常见，在重度尿道下裂中发生率约为15%。前列腺囊可能是副中肾管退化不全或尿生殖窦男性化不全的遗迹，开口于前列腺部尿道的后方向膀胱后方延伸，形成一个大的囊腔，可并发感染、结石，也可影响插导尿管。