1.脑脊液
压力正常或增高，外观澄清或微浊，白细胞数轻至中度增多，以淋巴细胞和中性粒细胞为主，蛋白质含量增高，糖含量降低，氯化物轻至中度降低，一般不低于85mmol/L，50%～80%的病例脑脊液墨汁染色可见带有荚膜的圆形隐球菌。应用酶联免疫吸附试验大约90%以上的病例血清或脑脊液中可以查出荚膜抗原。乳胶颗粒凝集试验有相当高的特异性，在诊断上有很高的价值。
2.其他辅助检查
（1）CT扫描 ①脑基底池及外侧裂失去正常低密度，密度增高，为渗出物占据，明显强化；②脑动脉炎引起脑梗死呈低密度灶；③脑膜粘连致交通性或梗阻性脑积水；④基底节与丘脑多发囊性灶；⑤脑实质内的肉芽肿，CT平扫时呈等或高密度影像，增强后显示大小不一多发的、边界锐利、明显强化的结节或呈不均匀强化、环形强化，周围伴有或不伴有水肿。
（2）MRI扫描 脑基底池的T1和T2弛豫时间缩短，增强后表现为明显强化与低信号的脑组织间形成良好的对比。脑实质的肉芽肿在T2加权像上呈等或略低信号，T2加权像上脑表面表现为多发的、直径约5mm的低信号。