真菌感染一旦形成肉芽肿，药物治疗则难以消除，手术切除为主要手段，但手术前后都需要抗真菌药物治疗，并对原发感染灶进行系统治疗。
1.开颅病灶切除术
手术方法同脑结核球、脑结核性肉芽肿。术前、术后皆需继续药物治疗。
2.药物治疗
目前治疗真菌的药物有两性霉素B、氟康唑、氟胞嘧啶等。对不同的真菌需用不同的药物，可以合并用药，如隐球菌致病可用两性霉素B和氟康唑合用，则疗效更佳。
（1）两性霉素B 目前仍是治疗中枢神经系统隐球菌感染的首选药物，如用药期间副作用明显，则不宜继续加量，严重者须停药数天，一次用药可维持24～48小时，故可每天或隔天1次。治疗期间可每周做腰椎穿刺，送脑脊液培养，培养阴性后再持续治疗4周。毒性反应包括发热、寒战恶心、呕吐、食欲不振、全身酸痛和静脉炎等，个别病人可出现不同程度的肝、肾功能损害血小板减少、心律失常和血钾降低等，如用药前加用地塞米松和异丙嗪（非那根）等，可减轻副作用，但须治疗量已加足时再用激素，以免真菌扩散。新型隐球菌合成荚膜时需要硫胺，故应用两性霉素B治疗过程中避免使用硫胺，并注意低硫胺饮食3个月以上。
（2）氟胞嘧啶 口服有效，且能通过血-脑脊液屏障。本药最好与两性霉素B合用，既可以减少两性霉素B的毒性，还可以减少真菌耐药性的出现，全疗程共6周。最严重的副作用为骨髓抑制，此时可以单独使用两性霉素B治疗。
（3）咪康唑 是广谱抗真菌药，毒性低，较安全。对病人最好做心电图监测，以防止发生不良的心脏反应。