鹦鹉热潜伏期为1～2周。临床症状可以是轻度的或一过性的流感样症状，也可以是急性发病，伴有高热，剧烈的头痛和肺炎。鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现类似肺炎衣原体肺炎，开始有发热、寒战、头痛、出汗和许多其他常见的全身和呼吸道症状，如不适、关节痛、肌痛、咯血和咽炎。
肺部很少有阳性体征，偶可闻及细湿啰音和胸膜摩擦音，双肺广泛受累者可有呼吸困难和发绀。躯干部皮肤可见一过性玫瑰疹（Horder斑）。严重的肺炎可发展为谵妄，低氧血症甚至死亡。鹦鹉热累及心脏时，心电图呈心肌炎改变。另外，鹦鹉热临床表现还可有贫血、反应性肝炎、肝脾肿大、蛋白尿等。鹦鹉热肺部X线主要表现不同程度的肺部浸润，如弥漫性支气管肺炎或间质性肺炎，但无特异性。肺内病变吸收缓慢。