临床上分为脑囊尾蚴病、眼囊尾蚴病、皮肌型囊尾蚴病等，其中以寄生在脑组织者最严重。
1）脑囊虫病人必须住院治疗。
（2）眼囊虫病人必须先行手术治疗。
（3）脑囊虫病人，应根据病情需要同时采用降颅压，抗癫癎，肾上腺皮质激素等药物或其他对症治疗方法。
（4）不能简单的以癫癎症状的存在作为持续应用抗虫药物的依据，若其余症状和体征已消失，头颅影像学显示囊虫病灶已消失而仅存钙化灶时，应视为病原学治愈而停用抗虫药，仅采用对症（抗癫癎）治疗。
（5）单纯皮肌型病人，药物剂量及疗程可酌减。
不建议单独使用中药治疗，可以配合中药治疗。