胎儿畸形和精子一般没有关系。
精子畸形一般只是形状异常，影响受精能力，而精子内的质量，是影响流产和胚胎质量的主要原因，如果单纯的精子畸形率高，一般不会引起流产和胎儿畸形的几率升高。胎儿畸形很有可能跟孕妇感染，或者环境因素以及不良的饮食还有遗传因素导致的。
1、孕妇感染:如果在怀孕期间孕妇受到感染，例如发热，然后服用了一些有毒和有害的药物后，比如激素或者抗生素以及神经类，还有生殖毒性的药物，很可能会导致胎儿畸形。
2、环境因素：如果在怀孕期间受到农药以及射线还有酗酒，很有可能会危害到胎儿的器官正常发育，引起胎儿畸形或者发生流产的症状。
3、不良的饮食：如果在怀孕期间，吃了一些被污染的鱼或者贝等食物，也是引起胎儿畸形的因素之一，另外还有腌制类食物，烧烤类食物，以及添加剂和色素丰富的食物等，都会导致胎儿畸形。
4、遗传因素：遗传因素主要是指比如父母染色体异常，或者父亲以及母亲携带突变基因等，另外近亲结婚生出的胎儿畸形率也比较高。
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对于胎儿神经管缺陷问题的检查，主要可以通过以下检查来明确。第一个，在怀孕中期阶段的时候，通过唐氏筛查进行大致的推断，如果唐氏筛查提示胎儿神经管缺陷的风险增高，需要进一步行无创DNA或者羊水穿刺检查来了解胎儿有无染色体异常。第二个，在怀孕22周左右的时间，通过四维彩超来进行1次大排畸筛查，如果确认胎儿神经管缺陷就需要及时终止妊娠，因为叶酸有预防胎儿神经管缺陷的作用，所以建议在怀孕前需要提前3个月补充足够剂量的叶酸，并且持续口服到怀孕3月后停药。
如果胎儿发生了消化道的畸形主要还是以观察为主在胎儿的成长发育的过程当中倒是不会影响到正常的增长和发育，但是母体也一定要注意保持生活习惯、饮食习惯以及作息时间的规律，一定要避免感冒的发生同时要严密的监测胎心，平时也要注意少吃辛辣刺激性食物、少吃油炸的食品。胎儿的消化道畸形在分娩过后如果有先天性的闭锁等情况，还是要积极的进行治疗主要是以手术的治疗为主，严重的时候可以先进行造瘘的手术在病情稳定之后还可以重新再进行恢复还纳，平时也要注意调整情绪不要有太大的压力。
胎儿消化系统对于胎儿在出生以后生长发育有着十分关键的作用。在孕期做B超时，需要重点排除是否存在消化道系统，孕期筛查消化道系统主要是做B超。如果确诊存在消化道畸形，是否可以在出生以后存活，主要取决于消化道畸形的部位以及严重程度。第一，如果是轻度的消化道畸形，例如局部肠管扩张缩短或者回声增强，这种情况在出生以后往往比较好治疗，成活率比较高。第二，如果是严重的消化道畸形，例如为闭锁十二指肠闭锁或者肛门闭锁，这种情况在出生以后，即使通过手术治疗往往效果也比较差，因此成活率比较低，所以在怀孕期间需要通过大排畸B超仔细观察胎儿消化系统的情况，根据具体的畸形决定是否继续妊娠。
