消化不良的治疗包括药物治疗以及调整饮食、生活习惯等。
药物治疗：通常需要用到抑制胃酸分泌药、促胃肠动力药、根除幽门螺杆菌药以及黏膜保护剂等。抑制胃酸分泌药一般用于以上腹痛为主要症状的患者，可选择性地用H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂。促胃肠动力药一般适用于上腹胀、早饱、嗳气为主要症状患者，可选择性地服用多潘立酮、伊托必利等。根除幽门螺杆菌目前采用四联疗法，即质子泵抑制剂+两个抗生素+铋剂。黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝等。
调整饮食、生活习惯：少吃难以消化、胀气以及刺激性的食物，这类食物会增加胃的负担。平时要规律作息，切记不要熬夜，熬夜会导致肠胃功能出现紊乱，加重消化不良的症状。
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功能性消化不良的诊断标准，主要是根据罗马标准，符合以下标准，即可诊断为功能性消化不良：第一，存在下述一项或多项临床症状，包括餐后饱胀不适、早饱感、中上腹部疼痛、中上腹部烧灼感等症状。第二，病程持续或反复发作的慢性过程，症状出现至少6个月，近三个月症状符合上述的诊断标准。第三，需要排除可解释症状的器质性疾病，包括做胃镜检查。还要注意，一定要除外其他一些病变，比如各种胃肠道疾病、肝胆胰腺疾病、肾脏病、糖尿病、风湿性疾病等，才能诊断。
小儿消化不良是多种因素导致的结果，主要的症状有腹部疼、胃胀、嗳气，还可能出现恶心、呕吐、食欲不佳，严重时可导致营养不良，影响孩子的生长。部分患者儿童可能出现神经方面的问题，如神经萎靡、容易烦躁等症状。当表现明显时，可以适当的服用增进胃动力的药物和抗酸药物如铝碳酸镁等。
孕期的消化不良，主要是由于孕妇体内激素的分泌影响，因为孕激素含量会有所增高，所以就会导致胃肠道的蠕动减弱，胃酸的分泌减少自然就会有消化不良。孕妇消化不良是一种孕期的正常反应，包括食欲不振，恶心和呕吐等症状，如果不严重的话，一般不需要特别的担心。一旦出现了消化不良，可以吃一些酸味的食物是能够有助于消化的，同时可以吃一些淀粉类的食物或者是少食多餐。
