毛囊炎流脓首先要手术清创，然后在配合使用药物治疗，以防止感染。
1、手术清创：毛囊炎挤出脓后若伴随疼痛，或感染加重，甚至局部产生脓包，应在医生指导下做局部清创处理，如切开引流，放出脓液。
2、药物治疗：在切开引流后，可以遵医嘱使用碘伏、碘酊、医用酒精等进行清洁、消毒，并在医生指导下局部涂抹莫匹罗星软膏、夫西地酸钠软膏、克林霉素磷酸酯凝胶等，以起到消毒、杀菌、预防感染的作用。
注意：若患者毛囊炎感染严重，比如出现全身性炎症反应，如发烧等，可口服头孢呋辛酯片或胶囊、盐酸多西环素片、阿奇霉素片等抗感染药物治疗。
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阴部毛囊炎是由于机体免疫力下降，加之外清洁卫生差继发细菌感染。阴部由于局部环境的原因不透气，很容易造成毛囊炎的发生，当出现数量比较少的毛囊炎时，可以外用复方氯霉素醇溶液，百多邦软膏等外擦抗感染治疗，当症状比较重时，皮疹数量较多，首先患者要注意卫生，勤洗澡，保持局部的清洁，然后需要配合口服抗生素治疗，如克拉霉素或者是头孢菌素类药物。在日常生活中，由于外阴部容易沾染尿液、粪便和白带，引起其外阴部的皮肤经常处于潮湿的环境中，而这种潮湿的环境非常适合于细菌生长，加上有手部搔扒不良刺激，所以阴部比较容易发生毛囊炎，引起疼痛、瘙痒，甚至有发烧全身不舒服的感觉。
毛囊炎在于局部治疗的时候外用的药物可以用碘酊还有莫匹罗星软膏、环丙沙星软膏、红霉素软膏等等，这些都是一天用两次，对于这种局部用药，咱们要避免使用激素类的药物。毛囊炎的外用药物可以选择以下几种：2％莫匹罗星软膏。因此毛囊炎在治疗的时候，要注意皮肤的清洁卫生，防止外伤以及增强机体的免疫力，如果毛囊炎临床表现不重或者是皮疹比较少，可以外用药物治疗为主，用碘酊或者是莫匹罗星软膏、夫西地酸软膏等。
新生儿如果出现了毛囊炎，一般情况下主要是注意皮肤表面的消毒处理，因为很多新生儿产生的毛囊炎并不太严重，如果注意表面的消毒，大多可以自愈的。治疗好之后也要在饮食还有生活中注意起来，要给婴儿穿上纯棉透气的衣服，并且及时的更换和清洁，而且要在阳光下把这些衣物晾晒，这样能够有效地帮助治愈疾病。新生儿毛囊炎多是由于新生儿毛囊受到损伤、刺激，阻塞时细菌通过皮肤伤口侵入皮肤所引起的，通常会表现为毛囊周围红肿、瘙痒，疼痛性的斑疹、脓疱，严重者会出现脓疱破裂、结痂、皮肤损伤，如瘢痕等。
