自然周期移植冻胚成功率不太高，在40%左右。
自然周期移植冻胚是指在女性自然排卵周期中，监测卵泡生长情况，确定卵泡成熟后进行人工促排卵并收集卵子，将卵子与精子结合后培养成胚胎，并在自然周期的适当时机进行胚胎移植。相对于人工周期移植冻胚，自然周期移植冻胚的治疗流程更加自然，不需要使用大量的促排卵药物，也不会干扰卵巢的生理周期。
尽管自然周期移植冻胚不需要大量使用促排卵药物，但是其成功率相对于人工周期移植冻胚略有下降。
一方面，自然周期移植冻胚需要在卵泡监测、卵子收集、胚胎培养、胚胎移植等多个环节都严格控制时间，一旦错过时机，将会影响移植效果；
另一方面，自然周期移植冻胚虽然不需要使用促排卵药物，但是受卵泡数量和质量等因素的影响，卵子的质量可能相对较差，从而影响胚胎的发育能力。
对于年龄较大、卵巢功能减退或有排卵问题的患者，由于卵泡数量和质量的影响，可能无法进行人工周期的试管婴儿治疗，可以在医生指导下进行自然周期移植冻胚。
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人工周期补充激素后女性体内激素水平能维持相对稳定状态，使子宫内膜处于正常厚度，为受精卵的着床做准备。如果患者本身存在卵巢功能异常或者子宫内膜比较薄等异常情况，需要选择人工周期做移植，能够提高成功几率。因为自然周期条件下进行移植，女性的激素水平会随着移植后胚胎生长发育情况而自行分泌，女性体内的雌激素、孕激素、HCG水平是正常的，不会影响到胚胎的发育。
试管移植是一种辅助生殖技术，通过提取精子和卵子后在体外试管内受精，根据监测的母体身体状况，特别是子宫内膜厚度以及体内激素水平择机移植到子宫内，使胚胎继续发育。自然周期排卵后，一般在3-5天内移植，在这个时期体内雌激素以及孕激素水平比较有利于胚胎着床发育，特别是孕激素升高，可以稳定子宫平滑肌，避免出现子宫收缩，有利于维持胚胎在子宫内的稳定。子宫内膜的厚度也比较有利于胚胎着床，如果移植时间过早，子宫内膜太薄，有可能会导致胚胎着床失败发生生化妊娠。
自然周期移植是需要自身激素参与进来的，通常在排卵三天后，如果子宫内膜的容受性好，女性激素水平正常，就能够进行胚胎移植，这样的话，胚胎着床的几率就比较大。而且在移植后，需要在医生的指导下使用黄体支持类的药物，促进胚胎的顺利着床。
