治疗目的是治愈感染，防止产生并发症，阻断进一步传播。治疗原则是早期发现，早期治疗，用药足量、足疗程，性伴需同时治疗。
治疗方案：
1.成人和青少年沙眼衣原体尿道炎、宫颈炎、直肠炎
多西环素0.1g，口服，2次/d，共7~10d，治愈率在94%~100%之间。盐酸四环素0.5g，口服，4次/d，共7d，治愈率为88%~100%。米诺环素0.1g，口服，2次/d，共7d，治愈率92%~100%。多西环素与四环素相比，优点在于每日服药次数减少，耐受性稍好些，半衰期长，即便漏服1次也有效，同等剂量下抗衣原体和解脲支原体的作用更强些。不过，在临床上尚未观察到两者疗效的差异。米诺环素的疗效也好，主要不良反应是眩晕及头痛感，在用药48h后出现，停药后消失。大环内酯类药物的疗效报道不一。红霉素，每日1g，分4次口服，共7~15d，对沙眼衣原体感染的治愈率为76%~97%。阿奇霉素的疗效和毒性作用与多西环素相似，优点是只需单次应用，对淋球菌、解脲支原体及梅毒螺旋体也有效，所以对这类病菌的混合感染也可应用;缺点是价格非常昂贵。其他大环内酯类药物也可用于临床治疗，如罗红霉素、克拉霉素及交沙霉素等。这些药物仍需要多次用药（疗程7~10d），与阿奇霉素相比患者的遵嘱性更差些。其他较少使用的药物包括利福平（600mg，4次 /d，共6d，治愈率98%），氧氟沙星（300mg，2次/d，共7d，治愈率93%），环丙沙星（750mg，2次/d，共7d，治愈率 55%~86%）等。这些药物均经验有限，有的疗效并不理想，一般不推荐使用。
2.新生儿和儿童沙眼衣原体感染新生儿衣原体结膜炎和衣原体肺炎推荐使用红霉素治疗，疗程10~14d。红霉素对新生儿感染的疗效约80%，可能需要两个疗程。
3.孕妇沙眼衣原体感染妊娠期药物选择的余地少，忌用四环素类及氧氟沙星。红霉素2g/d的疗法治愈率84%~94%，但半数以上的患者出现严重胃肠道不良反应，而不能完成治疗;1g/d的疗法较能耐受，但疗效差。在一些国家，阿奇霉素已作为妊娠期沙眼衣原体感染的推荐用药。妊娠期也可使用阿莫西林，其疗效与红霉素相似，但胃肠道不良反应小，易于耐受。由于妊娠期所用药物的疗效相对差，故应在疗程结束的2周后使用细胞培养或抗原检测法作判愈试验，或3周后使用核酸扩增试验做判愈试验。
