功能性消化不良的证候包括痞满、胃脘痛和嘈杂。
(1)痞满证：痞满主见于运动障碍型消化不良，本证临床需辨别虚实寒热。痞满以不能食，或食少不化，大便利者为虚，能食而大便闭者为实;痞满时减而喜按者为虚，痞满无时或减，或兼有疼痛拒按者为实。
脉弦急而滑，骤然胸中痞闷，乃肝气与食滞而成，为实;脉弦，或沉弦，或涩，或虚大无力，气口为甚，此日久脾胃受伤，或过服克伐药物所致，为虚。胸膈痞闷而寸口脉沉滑、或迟滑者为热;舌苔白腻，或薄白，舌质淡，脉沉迟、沉涩，口不渴或渴不思饮而痞满者为寒。
(2)胃脘痛：主见于溃疡型消化不良，临证需分清寒热，辨别虚实与气血的不同。
1)辨寒热：寒性凝滞收引，故寒邪犯胃之疼痛，多伴脘腹胀满拒按，纳呆，苔白，脉弦紧等症。脾胃阳虚之虚寒胃痛，多见隐隐作痛，喜暖喜按，遇冷加剧，四肢不温，舌淡苔薄，脉弱等症。热结火郁，胃失通降的胃痛，多伴烦渴思饮，恶热喜凉，溲赤，便结，苔黄少津，脉象弦数等症。
2)辨虚实：胃痛而胀，大便闭结不痛者多实;痛而不胀，大便不闭结者多虚;喜凉者多实;喜温者多虚;拒按者多实;喜按者多虚;食后痛甚者多实;饥则腹痛者多虚;脉实气逆者多实;脉虚气少者多虚;痛剧而坚，固定不移者多实;痛徐而缓，痛处不定者多虚;新病体壮者多实;久病体衰者多虚;用补法治疗不效者多实;用攻法治疗加重者多虚。
3)辨气血：胃痛有在气在血之分。一般初病在气，久病在血。凡病属气分者，多见既胀且痛，以胀为主，痛无定处，时作时止，聚散无形，此乃无形之气痛;凡痛属血分者，多见持续刺痛，痛有定处，舌质紫暗，此乃有形之血痛;其他如食积、痰阻，亦属有形疼痛之列。
4)嘈杂证：主见于反流型动力性消化不良。林佩琴《类证治裁·嘈证》认为：“若胃过燥，则嘈杂似饥，得食暂止，治当以凉润养胃阴，或稍佐微酸;若热病后胃津未复，亦易虚嘈，治当以甘凉生胃液，或但调其饮食;若胃有痰火，或恶心吞酸，微烦少寐，似酸非酸，似辣非辣，治宜温通;但由脾胃饮食不化，吐沫嗳腐，治宜健运。”
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