红斑狼疮，特别是系统性红斑狼疮发病后损伤机体的多个部位，包括中医范畴的五脏六腑，气血津液，经脉筋骨，皮毛百骸，虽然本病对身体的损害如此广泛，而中医认为五脏是人体的核心，三焦是气血水液运行通道，故其基本病机就是"五脏亏虚，邪阻三焦"。
首先，从本病病因及发病来看，患者有素体不足，素体就是一个人具有的体质特性，体质决定着人体对致病因素的易感性和病机症候的倾向性，红斑狼疮的这种体质因素，大多禀受于父母，如父母体虚，胎气不足，或胎中失养，临产受损，造成脏腑不健，气血不足，生机不旺，有机会患红斑狼疮。由于饮食不节，起居无常，或劳累过度，情志内伤，或孕产而伤气血，造成五脏受损。
其中饮食不节包括暴饮暴食，长期饥饿及偏食等损伤脾胃，脾胃功能降低后，五脏失去营养物质而五脏俱虚。情志损伤五脏者，中医有"悲伤肝"、"喜伤心"、"思伤脾"、"忧伤肺"、"恐伤肾"。过度劳倦损伤五脏，特别是劳神损伤内脏者中医认为"曲运神机则劳心，尽心谋虑则劳肝，意外过思则劳脾，遇事而忧则劳肺，色欲过度则劳肾"，开始是某一脏损伤者往往通过五脏的生克关系而累及其它脏腑，而成五脏俱虚，形成了红斑狼疮的患病体质，在诱发因素的作用下，发生红斑狼疮。其次，从红斑狼疮患者的临床症状上分析，多出现五脏亏虚的表现，因本病损伤部位广泛，损伤心脏常有心悸、心烦、气短出汗等心脏受损表现，损伤肝脏者，多有胁肋疼痛，精神疲惫，腹胀纳呆，急躁易怒等肝病表现，损伤脾胃则有饮食减少，消瘦倦怠，腹痛便溏等症状，损伤肺，常有咳嗽气短，胸闷憋气等症状，损伤肾脏则有腰冷痛，精神不振，面色苍白，五心烦热，月经不调等肾脏虚损症，从症状说明红斑狼疮患者均有五脏亏虚的表现。
再次，从本病的中医治疗上分析，在疾病的早期或急性活动期表现有实症者，治疗中一过性的应用清热解毒祛风除痹等治法，急性期过后，马上表现出虚象，各医家在治疗中大多应用益气温阳，滋阴养血等补养的药物，因此从治疗方法上看患者也是五脏亏虚。
五脏是人体的核心，三焦是整个人体气机运转及水液通调的枢钮，由于五脏亏虚，体内就形成了代谢性病理产物，如中医常说的瘀血，痰饮及水湿等。这些有形之邪阻塞三焦，使三焦的气机转枢功能及通调水道的功能失常，而出现各种症状，如狼疮病人三焦阻塞，气血运行不畅，卫气失去卫外功能，故常常感冒，三焦郁火弥漫则壮热不退，三焦阻塞气化失司，气血津液的运行受阻，不能营养五脏六腑，使五脏更虚，使疾病反复不愈。
三焦运行水液的功能受阻，上焦之水积聚可形成胸水，心包积液，中焦之水积聚，而成鼓胀腹水，下焦之水积聚，小便不利，下肢浮肿，甚则腰腹阴部水肿，三焦水液泛滥，形成全身水液弥漫的重症，是红斑狼疮的浆膜炎积液和狼疮性肾炎低蛋白血症积液的临床表现。本病是素体不足加之外因诱发使机体阴阳失调，脏腑受损，日久造成五脏俱虚，虚则易受外邪侵袭，易生瘀生痰，有形之邪闭阻三焦，疏泄不利而使全身各组织器官受损，从而形成复杂多变的症状，在疾病的整个病理过程中，由于痰瘀阻滞三焦对机体造成损害的程度与患者的五脏虚损程度，病史的长短呈正相关，所以每个患者的病变部位，病情程度也各不相同，总之本病的基本病机为"五脏亏虚，邪阻三焦"。
