生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒(HSV)，是双链DNA病毒，属于人类疱疹病毒亚科。单纯疱疹病毒分为两型即HSV-1和HSV-2。人类是HSV的唯一宿主，HSV离开人体则不能生存。
HSV对热和干燥比较敏感，在50℃湿热环境下或90℃干燥环境下30分钟即可灭活，一般消毒剂、紫外线、乙醚、乙醇、氯仿等均可使之灭活。HSV-1主要通过呼吸道、皮肤和黏膜密切接触传染，引起口唇、咽、眼及皮肤感染，约10%亦可引起生殖器感染;HSV-2是生殖器疱疹的主要病原体(90%)，主要通过性交传染，存在于皮肤和黏膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液中，引起原发性生殖器疱疹。
由于HSV具有嗜感染神经而形成潜伏感染状态的特性，因此原发性生殖器疱疹消退后、残存的病毒经周围神经逆行沿神经轴索可长期潜存于骨氐神经节，进入潜伏感染状态。当机体抵抗力降低或某些激发因素如受凉、发热、感染、创伤、月经、劳累等因素作用下，可使体内潜伏的病毒激活而复发。
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带状疱疹和生殖器疱疹都是病毒感染引起的，但是两者有明显的区别：病原体不一样：带状疱疹是由水痘带状疱疹病毒感染引起的，生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的。带状疱疹为感染带状疱疹病毒所致，好发于身体抵抗力较差的老人，典型分布特征为沿着神经走行呈带状分布，可见于头面及胸腹部，表现为疼痛明显，具有嗜神经性，可以遗留神经痛。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染生殖器和肛周皮肤黏膜所致的炎症性、复发性、性传播疾病，其临床多表现为局部簇集分布的小水疱或丘疱疹，基底红，局部可以伴有灼痛。
口腔黏膜处出现成簇针头大小的小水疱，在上腭和龈缘更为明显，疱壁较薄，疱液透明，破溃后成形成浅表溃疡。全身会出现发热、头痛、疲乏、不适、肌肉酸痛、咽喉肿痛等症状，有时伴随颌下淋巴结肿大。
生殖器疱疹是性病。在临床上又被叫做性传播疾病，出现这种疾病大多是通过不洁性生活进行传播的，这种疾病发生后，主要是形成生殖器部位的皮肤损伤，局部皮肤会有红斑的基础上出现水泡，而且这种水泡是呈簇集状。水泡形成以后，皮肤会有疼痛或者局部的灼热感，有的患者可能还出现发热的症状。出现生殖器疱疹的情况要及时到医院进行就诊，在专业医师指导下口服抗病毒类药物进行治疗。
