反复自然流产的病因十分复杂，除染色体异常、内分泌失调、生殖系统结构畸形和感染以外，约有６０％～７０％患者原因不明。近来研究认为，免疫因素也是一类重要原因，在原因不明的患者中，约有３０％的患者与自身抗体产生有关，即可能为自身免疫病，称为自身免疫性反复自然流产；另外，约７０％的患者可能与对胎儿父系抗原低反应性有关，称为同种免疫性反复自然流产。近年，医学界对反复自然流产免疫学因素的研究工作取得了较大进展。
胚胎可看作是具有父方５０％遗传物质的同种自然移植物，具有同种异体移植及自体移植的双重特性。胎儿及其附属物不被母体排斥并可在子宫内发育成熟，母体必须形成免疫耐受。正常妊娠期，母体免疫功能发生变化，形成主要由特异性免疫抑制物（封闭抗体、抑制性ｔ细胞）与非特异性因子（雌孕激素、人绒毛膜促性腺激素、人胎盘催乳素、促合成代谢因子、妊娠相关血浆蛋白等）共同组成的免疫维持系统。各种免疫学因素通过有机协调参与维持妊娠。若母体免疫平衡失调，排斥作用增强，则可能引起流产。
封闭抗体近期的研究证实，人类成功妊娠的母体内存在封闭抗体，而反复自然流产患者体内则缺乏此抗体。对于不能产生足够封闭抗体的流产患者，应用供者白细胞或配偶白细胞免疫，能成功地诱导出封闭抗体，且再次妊娠成功率达８０％左右。许多事实表明，封闭抗体是人类成功妊娠不可缺少的重要前提，且自始至终参与妊娠中母——胎免疫调节机制。夫妇间组织相容性白细胞抗原相似性大，导致母体对胚胎的父系抗原免疫识别功能不全，可能是反复自然流产的原因之一。有研究发现，反复自然流产夫妇共有组织相容性白细胞抗原ｄｒ的几率显着高于正常生育夫妇，共有组织相容性白细胞抗原ａ、组织相容性白细胞抗原ｂ的几率也显着高于正常生育夫妇。
细胞因子异常辅助细胞的功能性分化是近年来免疫学研究的热点之一。ｔ辅助细胞分化后产生ｔ辅助ｌ／ｔ辅助２两类不同细胞的细胞因子，以调节人体的免疫平衡。最近的研究表明，ｔ辅助ｌ／ｔ辅助２型细胞因子的调节机制也开始用于解释母胎界面的细胞调节现象。胎儿作为一种同种的半异体抗原能够在母体内生存、生长和发育而不被排斥，其中发生在母胎界面的特殊免疫现象起着关键性作用。
国外有学者通过ｔ细胞克隆技术首次在小鼠模型上证实：辅助性ｔ细胞克隆可分为ｔ辅助ｌ和ｔ辅助２，各自分泌不同的细胞因子；还提出了ｔ辅助ｌ／ｔ辅助２的细胞模式。ｔ辅助ｌ细胞分泌ｉ类细胞因子（简称ｔ辅助ｌ类细胞因子），包括白细胞介素２和干扰素——γ，主要介导细胞免疫功能。ｔ辅助２细胞分泌ⅱ类细胞因子（简称ｔ辅助２类细胞因子），包括白细胞介素４、６、１０，主要介导体液免疫功能。两类细胞都可产生白细胞介素３、１２和粒——巨噬细胞集落刺激因子；两类细胞都有共同的前体ｔ辅助ｏ细胞。事实上，ｔ辅助ｌ和ｔ辅助２细胞是在抗原的刺激及细胞因子参与下由成熟但未致敏的ｔ辅助ｏ细胞分化而来，分别介导细胞免疫和体液免疫。ｔ辅助ｌ细胞以分泌干扰素——γ为主要特征，参与细胞介导的促进抗体ｉｇｇ２α的产生。ｔ辅助２细胞主要分泌白细胞介素４，参与体液免疫应答，即ｉｇｇｌ和ｉｇｅ抗体产生和嗜酸性粒细胞活化。
辅助２类的细胞因子属于炎症性细胞因子。这些细胞因子及其受体在免疫排斥反应中扮演主要的角色。ｔ辅助２细胞因子被认为是免疫调节性因子。这些反应的产物可刺激ｂ细胞生长并下调ｔ辅助ｌ反应，诱导母体对胎儿同种移植产生免疫耐受，可能是促进成功妊娠滋养层生长的自然反应。ｔ辅助２细胞因子的产生缺陷，可能导致反复自然流产。已有研究证明，反复自然流产妇女蜕膜免疫细胞产生过量胚胎毒性细胞因子，ｔ辅助ｌ／ｔ辅助２平衡偏向ｔ辅助ｌ，但促成其向ｔ辅助ｌ偏向的原因尚不清楚。
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