手足口病属于中医“风温”、“湿温”、“时疫”等范畴，其病因为感受疫毒时邪，病位主要在肺、脾、心三脏。小儿脾常不足，肺脏娇嫩，易受损伤。疫毒时邪由口鼻而入，内侵肺脾，卫表被遏，肺气失宣，则见发热、头痛、咳嗽、流涕等;邪毒循经，熏蒸口舌，可见口腔疱疹、口痛、拒食、流涎;邪热熏蒸四肢，则手足出现疱疹;若毒热内盛，气营两燔，则四肢臀部疱疹分布稠密，症状深重;若邪毒逆传心包，内陷厥阴，可出现壮热、神昏、抽搐等危象。
在中医教科书中，对“手足口病”辨证分型仅有“邪犯肺脾”、“湿热蒸盛”两个。王有鹏教授参照国内防治手足口病最新研究成果及古典文献防治小儿传染病方面的相关记载，对小儿手足口病提出普通型和重症型等两种新的证型，每一证型又分出若干种证候。
普通证型共分为6种证候
邪犯肺卫证候为发热轻微或无发热，微恶风寒，汗出不畅或无汗，或轻微咳嗽、流涕，手足斑疹隐隐或无斑疹，仅见咽部散在疱疹，咽痛，舌红，苔薄白或薄黄，脉浮数。治法为辛凉透表，清热解毒。方药以银翘散加减。
肺胃热炽证候为壮热面赤，出大汗，口渴，手、足、口腔及臀部出现斑丘疹或疱疹，疹色淡红质润，疱液清亮，大便秘结，舌红，苔黄燥，脉数有力。治法为辛寒清气，泄热解毒。方药为白虎汤加减。
气营两燔证候为壮热面赤，心烦躁扰，手、足、口腔及臀部可见大量斑丘疹或疱疹，疹色赤紫，斑疹之间可融合成片，疱疹液混浊色红，舌质红绛，苔黄燥，脉数。治法为清营，凉血，解毒。方药为化斑汤加减。
湿热交阻证候为低热起伏，纳差，恶心，呕吐泄泻，疱疹色泽紫暗，分布稠密，或成簇出现，疱液浑浊，可伴有瘙痒，舌质红，苔黄厚腻或薄黄腻，脉滑数。治法为利湿化浊，清热解毒。方药为甘露消毒丹加减。
心脾积热证候为发热轻微或无发热，以口腔内疱疹为主，溃破后形成溃疡，疼痛流涎，不欲进食。心烦口渴，意欲饮冷，口燥唇干，吐舌弄舌，便干溲赤，舌尖红，苔薄或薄黄，脉数。治法为清心泻脾，降火解毒。方药为导赤散和清热泻脾散加减。
