复杂性肛瘘一般就是指瘘口在外括约肌以下或以上有两个以上在外口或者有两条窦道，内口在肛窦附近。单纯性肛瘘一般就是只有一个瘘管，在外括约肌深部以下或以上内口在肛窦的附近。一般以外括约肌深部为标志，瘘管经过外括约肌深部称为高位肛瘘，而外括约肌深部以下的就称为低位的肛瘘。一般治疗上肛瘘主要是以手术治疗为主，治疗的原则就是将窦道完整切除，避免复发。
肛瘘的手术一般分为切开、挂线或者是其他的一些手术方法，低位比较简单的肛瘘恢复时间比较短，一般在三周左右，高位复杂性的肛瘘大概需要一到两个月的恢复时间，根据体质不同，恢复时间也不尽相同。肛瘘分为简单性肛瘘、复杂性肛瘘、低位肛瘘、高位肛瘘；
肛瘘疾病一旦形成，不会自愈，但99%的病人，都需要手术治疗。1.有些病人可以形成慢性管道，但慢性管道如果内口还存在，可能还会再次导致复发，而且自愈可能性就很小；2.小肛窦腺感染，会造成皮下脓肿，内口闭合，形成小的硬结，硬结随着时间的推移，慢慢可以瘢痕化、软化，这时候应该说叫自愈，但是大多数99%病人，都需要手术治疗。
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肛瘘的外用药物主要有以下几类：第一，坐浴的药物，比如说皮肤康洗液、苯扎氯铵溶液、高锰酸钾，这类药物有消肿、止疼、止痒的功效，对于肛瘘的炎性期，有非常好的治疗效果。第二，抗生素类，比如说头孢类抗生素或者硝基咪唑类抗生素，对于肛瘘的炎性发作，有积极的抗感染作用，可以减轻肛瘘的症状，比如说肿胀、疼痛、流脓。第三，对症处理瘙痒的药物，临床上主要应用是含有糖皮质激素的药膏，比如说皮炎平、尤卓尔、派瑞松等等。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。
高位肛瘘，通常由于慢性炎症刺激，会引起肛管直肠环纤维化，或瘘管围绕肛管形成半环状纤维条索，影响肛门括约肌收缩，而出现排大便不通畅。低位肛瘘通常不会影响排大便，有时表现为分泌物刺激肛周皮肤，引起瘙痒等症状。肛瘘分为高位以及低位，瘘管主管在肛提肌以上，呈环形或半环形的称为高位马蹄形肛瘘，如果肛瘘瘘管在肛提肌以下，称为低位肛瘘。
高位肛瘘和低位肛瘘的区别在于瘘管在括约肌的位置进行判断。高位肛瘘和低位肛瘘的区别在于瘘管在括约肌的位置进行判断。低位肛瘘是指距肛门位置很近的肛瘘，而高位肛瘘是指离肛门位置很远的肛瘘，这两种肛瘘的治疗方法不尽相同，其中，低位肛瘘主要是行外口和瘘管的切开，将坏死的组织剔除，再配合饮食的调整，慢慢规律换药，再配合以药物坐浴治疗即可。
