有部分的患者囊肿，会恶变为癌症组织，需要进行病理的活检，确定诊断后，一般进行手术切除。正常情况下不会治愈，但也不会引起严重临床症状。囊肿过于大，可以进行手术切除。由于甲状腺发育异常，而产生的囊肿，可随着机体发育逐渐增大。
甲状腺右叶囊肿患者，如出现胸骨后的囊肿，会严重压迫右侧气管，导致气管向左侧偏移，造成患者出现呼吸困难或压迫血管等症状，建议及时进行手术治疗，解除压迫，缓解病情。如囊肿小于两公分、边界清晰、无明显浸润症状，患者可进行中药治疗、内科治疗或严密观察。甲状腺右叶囊肿主要由甲状腺滤泡的排泌异常造成，是一种良性疾病。
甲状腺囊肿的病人不建议食用含碘比较高的食物，或者是不建议使用碘盐。所以，对于有甲状腺腺瘤的病人要尽量少的摄取含碘的食物，这样有可能减轻甲状腺囊肿的症状。但是近几年发现由于摄入的碘量过多，甲状腺腺肿的病人发病率越来越高，这个情况与碘的摄入过多有一定的关系。解放后中国人是缺碘的，生活中食物中是碘的含量是不足的，所以全国人民都开始使用碘盐。
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甲状腺囊肿的手术，而实际上我们要分两个方面来讲，首先什么叫甲状腺囊肿，甲状腺囊肿的实际上，就是长在甲状腺里面的一个疙瘩。那么疙瘩里面全都是液体，就像是一个气球，里面把它打进了水，充满了就是放进甲状腺一样，那这样的囊肿，通常的手术方式有两种，一种就是也是在指南里面首选，推荐的是微创手术，也就说拿一根针进去把液体抽出来，然后再打一些药进去，使得囊肿的壁坏死就塌陷，然后整个囊肿就消失那么这种微创手术，既不留疤，也能保护甲状腺功能，是第一种手术。第二种对于一些难治性的叫甲状腺囊肿。比方说反反复复复发，或者是这种囊肿里面有大量的出血，微创手术不容易进行根治，就会采用甲状腺切除切除，是什么意思，就好比这是一个正常的甲状腺。那么囊肿如果长在它的右侧，也是右侧的像翅膀一样的部位切除，就是把整个右边全部切掉，这样的好处是囊肿完全被切除，根治干净，它的坏处，就是使得正常甲状腺组织被切掉，有可能会影响后就是在手术后甲状腺的正常功能。
甲状腺疾病很多，需要外科手术的疾病也不少。一、甲状腺良性占位，手术费用大概在3500~5000之间。二、甲亢手术治疗，手术费用在6000~7000之间。三、出现颈前肿物的缓慢或迅速的增大，喑哑、呼吸困难、饮水呛咳等压迫症状，有甲状腺结节性淋巴结肿大表现，考虑甲状腺癌症状。甲状腺癌对放疗、化疗不敏感，选择手术切除的治疗方法，手术费用大概是20000~30000之间。影响手术治疗费用因素有很多，比如住院时间的长短，病情的严重性等等。进行治疗时，建议去正规的甲等医院。
甲状腺胶质囊肿一般不能够自愈，因为小的甲状腺胶质囊肿没有什么自主症状，一般定期的复查彩超，密切观察其变化就可以了，不需要特殊治疗，只需要控制饮食，低碘饮食就可以了。如果是比较大的甲状腺胶质囊肿，会明显的发现包块，严重的会产生气管压迫症状，引起呼吸困难，这个时候需要做手术将胶质囊肿摘除，缓解气管压迫，解除呼吸困难症状。术后需要定期的复查甲状腺彩超和甲状腺功能。
