中成药作为慢性结肠炎的治疗辅助手段，常常用于缓解症状、减轻炎症、改善肠道功能等。临床常用的包括四君子汤、阿胶糯米丸、健脾止泻药等。
黄连、黄芩、黄柏、连翘等中草药具有清热解毒、抗炎、抗菌作用，可用于缓解结肠炎症状。其配伍为四君子汤、阿胶糯米丸等复方中药制剂，可用于调整肠道功能，促进炎症的愈合。此外，健脾止泻药如山楂、茯苓、橘红等中药可以通过调理肠道的运动和水分代谢来减轻腹泻症状。
但除了中成药外，西药也很重要。例如，5-氨基水杨酸（5-ASA）类药物如硫糖铝、乙酰氨基酚等，可以通过减少炎症细胞的活性、降低肠道黏膜的炎症反应来减轻症状。另外，糖皮质激素类药物如泼尼松、布地奈德等，可用于缓解炎症，并在急性发作时起到较快的止痛和抗炎作用。
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慢性结肠炎的患者出现便秘的情况，首先要建议保持良好的饮食生活习惯，避免辛辣刺激，油炸油腻等容易上火的食物，忌烟酒，浓茶，咖啡等等，多吃富含膳食纤维的新鲜蔬菜及水果，平时养成定时排便的习惯，可以顺时针方向按摩腹部，能够改善胃肠功能，促进胃肠动力，缓解便秘的情况。治疗便秘还可以通过一些药物治疗，口服容积性泻剂促进大便的顺利排出，可以减少粪便在肠道内存留的时间，减轻对肠道的刺激。慢性结肠炎患者由于反复发作的肠道炎性改变，造成肠道黏膜局部挛缩、瘢痕形成，失去肠道蠕动功能或者蠕动功能较差，最后造成肠内容物通过、减慢或者停止，所以会出现便秘的情况。
慢性结肠炎有可能会出现一些严重的并发症，比如出现大量难以控制的出血，再就是中毒性巨结肠，还有就是肠道穿孔，另外有可能会导致患者出现肠道狭窄，也有可能会引起梗阻。在溃疡性结肠炎当中，有时候还会看到皮肤并发症，溃疡、皮疹，还有口腔溃疡，还有肝脏的疾病，像硬化性胆管炎。患者因为患有慢性结肠炎，可能会反复发作，慢性症状持续，导致患者出现营养不良、严重的贫血、低蛋白血症等，小儿结肠炎可能会影响到儿童的生长发育。
慢性结肠炎需要做相关检查明确诊断、指导治疗：1、血常规、血沉、C反应蛋白，主要看白细胞总数是否增高，是否有急性炎症存在；2、粪便常规以及细菌培养和药敏试验：观察大便中有无白细胞、红细胞，判断有无炎症存在。另外可做大便细菌培养明确慢性结肠炎细菌，最后做药敏试验明确哪一种药物对结肠炎细菌有效，做到精准治疗，用最有效的抗生素治疗；3、结肠镜检查：通过结肠镜观察可以看到结肠全部病变，包括黏膜炎症、充血、水肿、溃疡、息肉等病理改变，对慢性结肠炎分类可以做出有效判断；4、下消化道造影：观察整个直肠或者结肠病变，目前诊断慢性结肠炎以肠镜为主，下消化道造影只是在不能耐受肠镜情况选择；5、CT和核磁共振检查：可以观察慢性结肠炎周围病变，甚至于后台成像做仿真内镜检查，即对于不能耐受肠镜检查的病人，用影像学检查方法代替。
患者因为有慢性结肠炎有可能会反复发作，慢性症状持续导致营养不良，严重的贫血，低蛋白血症，还有就是有可能会影响到儿童的生长
中成药作为慢性结肠炎的治疗辅助手段，常常用于缓解症状、减轻炎症、改善肠道功能等。临床常用的包括四君子汤、阿胶糯米丸、健脾止泻药等。 黄连、黄芩、黄柏、连翘等中草药具有清热解毒、抗炎、抗菌作用，可用于缓解结肠炎症状。其配伍为四君子汤、阿胶糯米
慢性结肠炎的治疗治疗原则积极寻找致病原因，保护胃肠黏膜，对抗病原体，消除肠毒素，改善症状，对症治疗，防止复发，慢性期以保
