基因重组和染色体变异的区别有变异的方式不同，变异的等级不同，变异的结果不同。可以通过这三点观察是基因重组还是染色体变异。
基因重组是指非等位基因间的重新组合。能产生大量的变异类型，但只产生新的基因型，不产生新的基因。基因重组是杂交育种的理论基础。
染色体变异是指真核生物体内的遗传物质的载体——染色体的数目发生改变或者结构发生改变时，遗传信息随之改变而带来生物体的后代性状的改变，分为结构变异和数量变异两大类。染色体组数是偶数的个体一般都具有生育能力，但染色体组数是奇数的个体是高度不孕的，如一倍体和三倍体等。
两者有以下几个不同：
第一点是方式不同。基因重组是指非同源染色体之间的自由组合和同源染色体的染色单体之间的交叉互换。而染色体突变是DNA序列的替换，转接，缺失等。
第二点是变异等级不同。基因重组只是在原有基因上重新组合，没有产生新基因。染色体变异是指在细胞水平上的变异，染色体数目与该物种正常染色体数目不同，可能是个别染色体数目不同，也可能是染色体组数不同，可以直接在显微镜上观察到。
第三点是变异的结果不同。基因重组只是产生了新的基因组合方式（基因型），但没有新基因的产生，也不能改变生物的性状。染色体变异则改变了基因的数目和排列方式，一定会改变生物的性状。
