调节肠道菌群的治疗可以使用调节肠道菌群的药品。
1.饮食调节：一日三餐要有规律
2.调节肠道菌群的药物：如果经常性的产生腹泻或者是肚子胀气的现象，可以在医生的指导下使用整肠生和双歧杆菌、乳酸菌素片来治疗，增加肠道的免疫功能，同时也可以使肠道菌群处在平衡的状态，缓解肠道功能紊乱。
3.通便的药物：肠道菌群紊乱也有可能是长时间便秘的原因，一般可以使用乳果糖或者是麻仁润肠丸，加速肠道的蠕动，预防便秘，软化大便，也可以对肠道起到调理的效果。
肠道相对来说比较脆弱，一定要注意做好护理措施，在生活当中一日三餐要有规律，同时也可以适当参加体育锻炼，多吃新鲜的蔬菜和水果，减少对身体的负担，平常还要注意保持良好的情绪，避免情绪过度紧张。
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正常的肠道内是有微生物菌群存在的，由于这种微生物菌群的存在，能够很好的调节肠道功能，维持肠道的正常作用。这类药物口服以后，可以直接补充正常生理菌群，抑制致病菌，促进营养物质的消化和吸收，抑制长远性的产生和吸收，从而达到调整胃肠菌群的目的，它的主要适应症是肠道菌群失调引起的腹泻、便秘，或者胃肠胀气、消化不良等症状，它的剂型比较多，药物的品种也比较多，临床上常用的如双歧杆菌、整肠生、妈咪爱、复方乳酸菌胶囊等等，都属于这类药物。尤其是大便不成形通过调节肠道菌群的治疗效果是比较不错了，但是最好还是在医生的指导下口避免出现相关的不良反应。
调节肠道菌群的药物在临床上比较常用的有乳酸菌素片，整肠生胶囊，黄连素片双歧杆菌这类的药物都是调节肠道菌群的药物。肠道菌群调节剂一般是属于微生态的制剂，微生态的制剂口服以后可以直接补充正常的生理的菌群，抑制致病菌，从而达到调整肠道菌群的目的，它的主要的适应征是肠道菌群失调引起的腹泻，便秘等，临床上常用的有双歧杆菌，地衣芽孢杆菌，妈咪爱，复方乳酸菌等含有大肠杆菌，粪杆菌和枯草杆菌等，还有嗜酸乳杆菌，保加利亚乳杆菌，乳酸乳杆菌等。金双歧为双歧杆菌乳杆菌二联活菌。
引起肠道菌群失调的常见原因有饮食因素、年龄因素。随着年龄的增加，容易出现肠道的菌群失调、胃肠道免疫功能失调；还有一些药物，特别是抗生素，容易引起肠道菌群失调。针对肠道菌群失调的治疗：第一，饮食调节；第二，停用原来的抗生素，根据菌群分析以及抗菌素药敏试验，来选择合适的抗生素；第三，益生菌治疗，可以选用复合乳酸菌、地衣芽孢杆菌、枯草杆菌等来调节肠道的菌群；第四，可以口服一些益生元制剂，也能达到扶植正常菌群的目的。
