耳朵内部深处隐隐疼痛可能是耵聍栓塞、中耳炎、耳道炎、耳内疖肿、耳部神经损伤等导致。
1、耵聍栓塞：通常是由于外耳道畸形、耵聍分泌过多等原因导致耵聍在外耳道内凝结成块，进而压迫外耳道壁，而出现疼痛。建议可在医生指导下取出耵聍，缓解症状。
2、中耳炎：是中耳组织感染引起的炎症，患者可出现耳部疼痛、听力下降等症状。可以遵医嘱使用抗生素药物治疗，如阿莫西林、头孢菌素类，也可使用对乙酰氨基酚来缓解疼痛。
3、耳道炎：是外耳道皮肤感染或炎症引起的疾病，可能导致耳朵红肿、疼痛。需要根据病因，针对性治疗，比如对于反复抠耳朵，以及耳朵进水导致的，可以通过一般治疗缓解，比如要保持耳道的干燥、避免耳道进水，平时也要免避经常的掏耳朵，同时需要避免辛辣刺激食物。如果是感染导致的，可遵医嘱先局部使用抗生素水溶液，如氧氟沙星滴耳液、盐酸洛美沙星滴耳液、盐酸左氧氟沙星滴耳液等。如果症状没有缓解，则可以在医生指导下口服消炎药物进行治疗，如阿莫西林胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片、头孢地尼胶囊等。
4、耳内疖肿：可能是由于毛囊感染或炎症引起的，通常会导致耳内部位隐隐疼痛，触摸时可能会感到局部肿块。对于小的脓肿，可以用温水湿热敷帮助疏通，但不建议自行挤压。对于较大的疖肿，可能需要医生进行切开引流，或者根据病情开具抗生素药物。
5、耳部神经损伤：耳部神经损伤可能导致耳朵内部隐隐疼痛，而且常伴随其他神经症状，如耳鸣、听力下降等。这种情况可能需要神经学或耳鼻喉科医生的进一步评估和治疗。
