间质瘤是一种恶性肿瘤，即使经过手术切除等治疗，也可能在数年后复发，原因包括术后残留肿瘤细胞、转移、肿瘤细胞对治疗的抵抗等。
手术可能无法完全切除肿瘤组织，残留的癌细胞可能会在手术后长期潜伏，最终导致肿瘤复发。此外，肿瘤细胞可能会通过淋巴管或血液转移至其他部位，形成转移瘤。此外，一些肿瘤细胞可能对放疗、化疗等治疗手段产生抵抗，从而导致肿瘤复发。
对于间质瘤的复发，治疗方法包括手术切除、放疗、化疗等多种综合治疗手段。手术切除可以去除肿瘤组织，降低肿瘤负荷，但是可能会对患者身体造成较大的创伤，且无法完全切除肿瘤组织。放疗可以通过破坏肿瘤细胞的DNA分裂，阻止其分裂和生长，减少肿瘤复发的可能性。化疗可以通过药物杀死肿瘤细胞，减少肿瘤负荷，但是可能会对患者的健康造成影响，且肿瘤细胞可能会对化疗药物产生抵抗。此外，还可以考虑免疫治疗等新的治疗手段。
因此即使进行了手术，这类患者也不能“掉以轻心”，应按医生的指导定期复查，发现异常及时处理。
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胃间质瘤很少发生淋巴结转移，所以手术不需要进行淋巴结清扫，局部切除肿瘤即可达到治愈要求。有时，胃肠间质瘤生长在贲门、十二指肠、直肠等关键部位，手术会导致病人重要器官或功能的损失，例如无法保肛，手术风险高，术后返流等。所以，避免医源性肿瘤破裂是手术的重中之重。
胃肠道间质瘤是消化道最常见的良性肿瘤，其免疫表型上表达KIT蛋白，主要是CD117。对于免疫组化的诊断：首先，如果组织学形态符合，同时CD117是(+)可以做出胃肠道间质瘤的明确诊断；第二，如果组织学形态符合，但是CD117(-)，DOG-1阳性的肿瘤可以做出胃肠道间质瘤的诊断；第三，如果组织学形态符合，CD117和DOG-1均为(-)，应该由专业的分子生物学实验室检查是否存在C-Kit或者是PDGFRA基因的突变，如果存在基因突变，可以做出明确诊断；第四，对于组织学形态符合，但是CD117和DOG-1均为(-)，并且没有相关的基因突变，应该除外平滑肌肿瘤、神经源性肿瘤。
胃的间质瘤从病理上来说可以分为低度、中度和高度恶性。胃间质瘤是从胃到肠都会发生的一种肿瘤，甚至是肠系膜也会发生。而且间质瘤会随着肠道的推移，它的恶性程度还会逐渐增加另外肿瘤越小，核分裂相越低，它的恶性程度也会逐渐的减低，因此的间质瘤是一种具有潜在恶性侵袭性的肿瘤。胃的间质瘤低度恶性的可以认为是良性肿瘤，中度以及高度具有可以认为是具有恶性倾向的肿瘤。良性的肿瘤治疗方法可以用手术切除来治愈，至于中度及高度有恶性侵袭性的胃间质瘤，可以用靶向治疗结合手术综合治疗的方法来治愈。
