乙肝病毒感染的乙肝小三阳状态是乙肝病毒复制的“冬眠期”，一般情况下，小三阳乙肝病毒几乎无复制，患者的病情相对平稳，传染性也很小。少数乙肝小三阳患者发生反复的肝功能异常是有一定原因的，常见原因分析如下：
第一种原因是可能感染了一种前C区变异的乙肝病毒。这种前C区变异的乙肝病毒感染在欧洲地中海地区和亚洲地区多见，其流行率占慢性乙肝的40%~80%。这样的患者尽管血清HBeAg阴性，体内仍存在长期的低水平乙肝病毒DNA的复制，病情仍可不断进展。患者常伴有持续性或间歇性血清转氨酶升高，导致进行性肝病，且干扰素治疗的疗效往往不佳。遇到这种情况可以通过检测血清HBVDNA来确诊，如果HBVDNA阳性，就很可能是这种前C区变异的乙肝感染。
第二种原因是乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。这是由于乙肝小三阳患者感染乙肝病毒后，病毒改变了肝细胞膜的一些成分，使人体的免疫系统对自身的肝细胞发动了攻击，造成了肝损伤。这种情况多见于女性患者，乙肝小三阳患者可通过检测自身抗体来确诊，如果自身抗体中的某项指标为阳性，就有可能是这种乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
第三种原因是乙肝小三阳患者可能重叠感染了其它肝炎病毒。乙肝患者还容易重叠丁肝感染，如果患者排除了前述两种因素，可以检测一下丙肝病毒和丁肝病毒的指标。
第四种原因是肝炎病毒以外的原因。乙肝小三阳患者是否长期饮酒，同时存在酒精性肝炎?乙肝小三阳患者B超是否合并有脂肪肝?还是否并存其他影响肝脏的疾病或长期使用一些影响肝脏的药物等等都有可能引起肝功能异常。
