甲型肝炎病毒最早于1973年由Feinslone用免疫电镜技术在急性期患者的粪便中发现，是微小RNA病毒科中的嗜肝RNA病毒属中惟一的一种，可导致急性甲型肝炎。
甲型肝炎病毒呈球形，直径27-32nm，表面无包膜，由32个壳粒组成其20面体结构。病毒内部含有由7500个核苷酸连接而成的单股正链RNA。病毒分为实心颗粒和空心颗粒两种形态。实心颗粒为完整病毒，具有传染性，也就是说可以导致疾病的发生；空心病毒则无传染性，但具有抗原性，也就是感染后不发病但可以产生相应的抗体。
当甲型肝炎病毒进入人体后，会在肝细胞的胞浆内复制，随后释放进入胆汁，最终随粪便排出体外。甲型肝炎病毒较一般肠道病毒抵抗力强，可在淡水、海水、污水、泥沙毛蚶等水产品中存活数天至数月。这就解释了甲肝易通过贝类和水传播的原因。应用高浓度酒精等化学消毒剂可在30分钟内杀死甲肝病毒，同时冷冻和紫外线也可抑制病毒的生存和复制。
甲型肝炎病毒感染人体后，早期会产生HAV-IgM抗体，晚期产生HAV-IgG抗体。通过检测这些抗体，就可以了解机体感染甲型肝炎病毒的情况。如果只检测到HAV-IgM抗体，则说明是初期感染。如果只检测到HAV-IgG抗体，则表明曾经感染甲肝或接种过甲肝疫苗，已经具备对甲肝的免疫力。
