接种乙肝疫苗为预防乙肝的最有效方式，大部分小儿在接种已经疫苗后能产生抗体，但也有一部分小儿接种失败，主要与以下因素有关。
1.反复呼吸道感染
小儿因机体免疫力低下，易发生各种感染，呼吸道感染最为常见，呼吸道感染可使患儿机体免疫力进一步下降，有研究表明反复呼吸道感染继发免疫功能低下发生率达77.5%，乙肝疫苗免疫接种失败率达63.6%。
2.缺锌
锌是人体必需的微量元素之一，也维持机体正常免疫力的重要元素，儿童因胃肠道道功能尚未完善以及饮食中摄入不足等，易发生缺锌。有研究表明小儿锌缺乏继发免疫功能低下达95.7%，乙肝免疫失败率达64.7%，可通过补锌使小儿免疫功能恢复正常后，再次接种。
3.滥用激素
糖皮质激素对免疫反应的多个环节都有抑制作用，小剂量主要抑制细胞免疫，大剂量可抑制体液免疫，滥用激素势必引起免疫功能低下。有研究显示滥用激素免疫功能低下发生率达90.2%，乙肝疫苗免疫失败率为14.4%。
4.已感染乙肝
由于中国是乙肝大国，在一部分母亲是乙肝患者，有研究表明HBsAg、HBeAg均阳性母亲所生的新生儿接种乙肝疫苗后保护率为70%～80%，但仍有20%～30%免疫失败，这主要与小儿经母婴传播已感染乙肝有关。
