短暂性脑缺血发作与癫痫发作，都会出现突然、短暂且反复的脑部功能失常，尽管它们表现的症状有相似之处，但还是可以区别的。
首先，从发病原理（机制）上看：短暂性脑缺血发作是由血管不正常引起；而癫痫是脑细胞过度放电性病。
其次，从发病年龄看：短暂性脑缺血发作多见于老年人，常有动脉硬化、高血压病、冠心病、糖尿病等心脑血管病危险因素，发病持续时间从数分钟到数小时不等；而癫痫发作可见于任何年龄的人，且青少年更多见。没有明显危险因素，持续时间只有几分钟，不会超过半小时。
再次，从发病症状看：短暂性脑缺血的肢体瘫痪比抽搐多；而癫痫则恰好相反。同时，短暂性脑缺血发作者没有癫痫病史，发作期无规律性抽搐；而癫痫一般与之相反。
此外，短暂性脑缺血发作多在站立、走动或过度仰头时发生，平卧可减轻，神志清楚；而癫痫多与之不同。
最后，从检查结果看：患短暂性脑缺血的人在发病期和间歇期（不发作时间），脑电图正常；后者多相反。此外，短暂性脑缺血若做了颈动脉内膜切除术，大多就不发病了；而癫痫只有用抗癫痫药才能有效控制其发作。
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原发性癫痫大多数是我们现在没有明确的病因，有一些可能跟遗传关系，有一些我们现在还没有发现病因，原发性癫痫全面性发作的比较多，没有临床的损伤，继发性癫痫从病史上都可能发现一些外伤、感染、难产等病史，原发性癫痫大多数可能有遗传的病史，继发性癫痫都没有，继发性癫痫居于局灶性癫痫比较多，而且继发性癫痫脑电图可以发现局灶性的病变，在核磁CT派特等检查也可以发现有相关的病变部位，而原发性癫痫在脑电图上是没有局部的变化，都是整个的脑电图变化比较多，所以我们不能明确的定位。
原发性与继发性癫痫区别是病因的不同。原发性癫痫是由于遗传因素引起的癫痫，多见于儿童及青少年，绝大多数在30岁以前发病，继发性癫痫是除了遗传因素的，其他病因引起的如：脑外伤、脑血管意外、脑囊虫、脑部肿瘤等，建议积极遵医嘱配合治疗。原发性癫痫与继发性癫痫两者之间最大的区别就是，原发性癫痫病的遗传的可能性是很高的，很有可能会遗传给下一代，而继发性癫痫病相较于原发性癫痫病遗传几率偏低，也是比正常人偏高的，在大部分情况下，继发性癫痫病是由于脑外伤所造成的。
癫痫的第一个鉴别诊断是晕厥，晕厥的患者一般是有明显的诱因，比如情绪激动，看到别人抽血、剧烈的疼痛、咳嗽、排尿时可以诱发，经常伴有恶心，头晕，无力，眼前发黑等先兆症状的一般情况很少出现四肢的肌肉抽搐。而癫痫一般是会有四肢抽搐，牙关紧闭，甚至是舌头的咬伤。第二个重要的鉴别要和发作性睡病进行鉴别，这是一种特殊类型的睡眠障碍，可以引起意识丧失和跌倒发作，要完善脑电图检查。第三个鉴别要和低血糖进行鉴别，低血糖是可以出现癫痫样发作的，监测血糖就可以明确诊断。
