不同阶段的肠瘘，有不同的治疗方法：
第一阶段(瘘发生后7～10日)患者处于瘘口尚未稳定期与感染的初期，腹腔内感染严重，局部炎症水肿，如手术修补肠瘘口往往失败，而且会导致感染扩散;应该给患者禁食，胃肠减压，并给予是胃肠外营养纠正一般情况;给予抗生素，彻底引流腹腔感染灶，并将肠内容物彻底引流出腹腔(伤口暴露及时清除或插管引流)。
第二阶段(10～30日)经过第一阶段处理，患者逐渐恢复，瘘口经过引流或处理已成为“被控制”的瘘，感染仍很严重或继续发展扩散时应积极控制感染加强营养。尤其是全静脉营养是必要的手段，以供给热量与氮源。
第三阶段(1～3月)经1～2阶段处理，效果较好的瘘口已愈合或稳定，因肠瘘较低对营养的影响不大，但瘘口不愈合时，应及时了解不愈合的因素，常见的原因：
①远端梗阻。②瘘管的组织已上皮化。③结肠粘膜与腹壁愈合，使瘘口呈唇状。④瘘口部有异物存在。⑤瘘口附近有脓肿引流不畅。⑥特殊感染或肿瘤存在。
这段时间重点是寻找瘘口不愈合的原因，控制腹腔内感染，尤其是肠壁间隙脓肿，高度怀疑时应及时剖腹探查引流脓肿。当然b型超声能检查证实时，可在其引导下行穿刺抽脓，注入抗生素，以解除手术中腹腔广泛粘连，易损伤肠管的顾虑。
第四阶段肠瘘未愈合的患者，腹腔感染控制，瘘口局部情况好，可考虑择期手术，清除病因，以关闭瘘口。如瘘口远端梗阻应解除后再修补瘘口;单纯唇状瘘，或管状瘘，可将瘘翻向肠腔而不要过多的探查腹腔，当然吻合局部因特殊感染或肿瘤存在时，应将病变切除吻合。
手术过程中的注意事项：
1、肠切除吻合时，肠切除断端用血管钳钳钳夹过的组织应剪除，对肠病变引起的狭窄，肠扭转，肠套迭或肠系膜血管损伤，血栓形成等，作肠切除吻合时，宁可多切除一些，以保证肠端组织正常。一般肠断端离坏死肠管(或病变肠管)至少3～5cm。
2、保证肠吻合端的良好血液循环，切除肠管时，肠系膜对侧多切除一些，以保证血运，分离系膜时，不要太多，不能超过肠端1cm。缝合时，系膜侧应带着部分无血管的系膜以保证血运，又不损伤供应的血管。
3、肠切除吻合时，局部不能有感染及血肿存在，缝合必须将肠粘膜内翻，以保证肠端的完全浆膜面对浆膜面愈合。
