白血病复发的原因主要与骨髓移植时白血病细胞的清除不彻底，即体内残留的白血病细胞较多和骨髓移植后移植物抗白血病作用不强有关。目前通过对骨髓移植后微小残留病的检测进行白血病复发预测的研究正在探索之中。
骨髓移植后白血病复发是影响骨髓移植疗效的重要因素之一，它降低了骨髓移植治疗白血病的长期生存率，是危及骨髓移植后病人生命的一大问题。异基因骨髓移植后白血病的复发率大约在20％～30％。改进骨髓移植预处理方案，加强骨髓移植前白血病病人的强化治疗，选择最佳的骨髓移植时机，诱发发生移植物杭白血病效应等手段，对减少骨髓移植后白血病的复发可能会有帮助。
在骨髓移植后白血病复发的治疗中，对于急性白血病一般首先争取通过化疗再次诱导缓解，然后进行第二次骨髓移植，对某些病例也可不需诱导缓解而直接进行第二次骨髓移植。对一般情况较差，预计不能耐受第二次骨髓移植的病人，则只能做支持治疗和对症治疗。骨髓移植后白血病复发的再次诱导缓解率在急性淋巴细胞白血病为50％，而急性髓性白血病则还要低些。在进行第二次骨髓移植治疗的病人中，长期无病生存率也大约仅为10％左右。
由此可见对骨髓移植后白血病复发的治疗是相当困难的。对于慢性髓性白血病骨髓移植后复发病人的治疗，采用注射干扰素结合输注供者外周血淋巴细胞的方法，已可使部分病人达到“治愈”（恶性克隆消失）。若此方法治疗效果不佳，也可用羟基脲等药物控制病情，但最为积极的有效治疗方法仍是采用第二次骨髓移植治疗。
