急性肾盂肾炎与急性细菌性膀胱炎具有共同的泌尿系症状，即尿频、尿急、尿痛，并且实验室检查都可见尿中有白细胞和红细胞，且尿细菌检查均为阳性。因此，作好两者之间的鉴别诊断，对治疗尤为重要。
首先，急性肾盂肾炎以女性多见，一般有尿路结石梗阻病史或呈现膀胱-输尿管反流时好发;而急性膀胱炎男女均可发病，诱因多与妇科炎症关系密切，而男性则常在前列腺炎基础上以饮酒或性交为主要诱因。
其次，急性肾盂肾炎发病率相对低于急性膀胱炎，但急性肾盂肾炎往往有较为明显的全身症状，以体温升高、血白细胞总数和中性粒细胞升高为显著特征，并常伴发热、畏寒、筋骨酸痛、头痛、恶心呕吐、食欲不振等;而急性膀胱炎除有严重的尿路刺激征(即尿频、尿急等)和排尿时有尿道烧灼感外，并无明显全身症状，貌似“健康”者，可以照常工作和学习，其血常规无明显异常。
第三，急性肾盂肾炎体检时可有肋脊角或腰部压痛及叩击痛，多为一侧性；而急性膀胱炎多有膀胱区压痛，少数有附睾部位压痛，提示感染来源于附睾和前列腺。
第四，急性肾盂肾炎需要住院精心治疗，卧床休息1～2周，给予支持及对症治疗，必须选择合适的抗菌药物以达到有效的组织和血清浓度，即早期、联合、有效和全程使用抗菌药物，以防因治疗不当而转为慢性肾盂肾炎;而急性膀胱炎大多数无需住院及卧床休息，注意多饮水促进排尿排菌，适当输液及短期给予抗菌药物(即3天疗法)，大多数患者病情可很快缓解，部分患者需给予2周疗法。
