包皮为男性外生殖器的组成部分，有重要的生理功能。医学界一直在进行包皮功能方面的研究，随着研究的深入，对包皮的功能也有了更新的理解和认识。
包皮如同指尖和嘴唇一样敏感。它含有极为丰富的多样的、比阴茎其他任何部位密度都高的的特异性神经受体。这些特殊的神经末梢能够辨别动感、细微的温度变化和组织结构的层次感。
当阴茎勃起时，双层的包皮能够为膨胀的阴茎提供必需的空间以及允许阴茎皮肤自由、流畅、愉快地在阴茎表面和阴茎头处滑动。包皮可以在阴茎的全程从阴茎头至根部自由地来回滑动，这增加了包皮、系带、阴茎头的充分刺激，有利于激发性高潮。
在性交过程中，包皮有利于男女双方的生殖器黏膜来回运动。包皮可以在阴道内无摩擦的，在自行润滑的、活动的皮肤鞘内运动。女性可以被运动压力而不是摩擦唤起性兴奋。
欧洲的科学家最近发现，在包皮的基底表皮细胞中存在雌激素受体。
还有研究者发现人类包皮有顶浆分泌腺体，这些特异的腺体能够分泌信息素，这是一种天然的信使物质，还需要进一步的研究来确定这些发现的意义和作用。
如同眼睑保护眼睛一样，包皮则保护阴茎头，使它保持柔软、湿润和敏感。同时它还可以保持阴茎头一定的温度，调节pH值平衡以及具有清洁作用。阴茎头本身并不含有皮脂腺，它依靠包皮分泌的皮脂使阴茎头润滑和维持健康。
所有的身体器官的开口都是身体免疫预防的第一道防线。包皮的腺体能够分泌抗细菌和病毒蛋白，如溶菌酶，这种酶也存在于眼泪和母亲的乳汁中。特异的上皮细胞，如郎罕氏细胞，是免疫系统的组成成分，富含于包皮的外层表面。包皮黏膜的浆细胞能够分泌免疫球蛋白，这是一种预防感染的抗体。
多年来，我们已经知道郎罕氏细胞和枝状细胞在皮肤黏膜的免疫系统起着重要的作用。最近几年研究发现，黏膜免疫系统才通过引进抗原，即通过阴道黏膜致敏，用来预防泌尿系统感染。具有免疫活性的包皮黏膜系统从理论上讲也可以作为一种提供黏膜疫苗的途径。
我们已经知道，郎罕氏细胞能够分泌细胞因子。最近，人们才发现，没有郎罕氏细胞，鳞状上皮细胞也能分泌细胞因子和白细胞介素，刺激T细胞的免疫反应。由包皮黏膜和皮肤释放的细胞因子目前尚未进行仔细研究。
国外学者Weiss在胎儿的包皮的黏膜表面未发现郎罕氏细胞，但在成人的包皮粘膜上皮很易得到确认。在新生儿的包皮的黏膜表面未发现郎罕氏细胞，可能是由于包皮黏膜在无菌的子宫腔内环境中与腺体黏膜的融合所致。直至逐渐成长，包皮可以回缩，黏膜与抗原接触时才可以确定郎罕氏细胞的存在。包皮下菌群的多样性的作用尚未得到进一步的研究，而包皮的免疫功能的研究也仅在婴儿进行。
包皮环切术切除了包皮的郎罕氏细胞，推测可能降低了HIV感染的危险性。然而这种理论存在缺点，即使切除了包皮，仍有残存的阴茎头黏膜，在阴茎的表皮仍有郎罕氏细胞的存在。
