自闭症对于一个家庭的毁灭性是非常大的，很多家庭为了治疗一个自闭症儿童四处求医而无果，而自闭症产生的原因也是许多父母想要知道的，而至今尚无定论，而统一形成的共识有以下几个：
(一)遗传因素
自闭症与遗传及基因有着密切的联系。对有自闭症患者的家庭的研究发现，儿童自闭症的同胞患病率为2%-8%，是一般人群发病率的50-100倍。这说明遗传因素是儿童自闭症发病的重要原因。从基因的水平看，多数研究认为，自闭症是由于多基因遗传和环境因素及其他非遗传因素共同作用的结果。所谓多基因遗传是指该疾病受两对以上等位基因的控制，但候选基因的数目和定位仍不清楚，迄令为止，没有取得公认的研究结果。目前受到关注的有5号染色体和15号染色体上的多个基因。
(二)免疫生化因素
有研究发现，功能障碍可能与自闭症的发生存在关联。有学者提出了病毒感染学说，认为免疫功能缺乏的个体在胎儿期或亲生儿期增加了病毒感染的机会，这些易感病毒引起胎儿或新生儿中枢神经系统的永久性损害，从而导致了自闭症。也有研究发现自闭症的发生与神经系统中神经递质的代谢失常有关。当前学界认为五羟色胺、多巴胺等神经递质与自闭症关系密切。
(三)围产期因素
与自闭症有关的孕产期高危因素包括精神抑郁、吸烟史、病毒感染、高烧、服药史、剖宫产、患儿早产、出生体重低、有产伤、呼吸窘迫综合征及先天畸形等。早期研究认为自闭症与围产期因素有密切关联，但现在研究者普遍认为，围产期的危险因素并非自闭症的直接原因，它只是加强了已存在的遗传易感性，增加了发病的危险性。
其掌管高级推理能力的大脑额叶明显大于常人大脑额叶,这主要是因为其中含有过量的大脑灰质及细胞间轴突索。患有自闭症的儿童2岁以前大脑生长速度异常的快，并且出现原因不明的炎症迹象。
其胼胝体则比常人大脑小，这种联结组织可将大脑的左右两个半球联系起来。这使得自闭症患者不善于进行需要两个半球各种区域协调参与的活动，他们在做这种活动时更像是进行生硬的爵士演奏，而不像是和谐的交响乐演出。
其杏仁核区域也比常人更大，这一区域的作用使人们更易感觉到来自环境，情绪及社会行为的威胁。这一区域的大小也许和自闭症患者的易焦虑心理有关。研究表明，自闭症患者在看人的面孔时，也会像面临危险时一样，其大脑的杏仁核区显得更为活跃。
其海马区域也比常人大出约10﹪，这一区域对人的记忆能力尤为重要。因为自闭症患者在面对陌生情况时，更倾向于依赖记忆来对这些陌生情况进行分析，而不是向其他人一样“不假思索，勇往直前”。
其小脑区域和额叶一样其中含有过量的白质。这一区域与人的身体协调能力、运动计划能力及预测能力密切相关。而这些能力都是自闭症患者所缺乏的。
自闭症产生的原因如果真的能够被发现，能够用于自闭症患儿的预防，那将是科学的一大进步，毕竟很多时候自闭症是不知不觉到来的，让很多父母措手不及。
