因为肠结核的感染主要还是经口感染，患者多会有开放性肺结核或者喉结核的病史，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起疾病。肠结核的病人通常会伴有一些肠外结核的症状，所以容易被误诊或者很少引起注意。肠结核病人共同进餐，有可能会传染的。如果经常和开放性肺结核患者密切接触，也可以被感染，所以平时还是要注意隔离的。
可以在右下腹部出现腹部的包块，还会出现全身的结核中毒症状。可以通过抗结核药物的治疗，能够消除症状，改善全身情况。会出现右下腹部的疼痛，也可以出现上腹或者是脐周的疼痛。一般见于中青年人，女性多于男性。
肠结核主要有两种并发症：一肠梗阻，肠梗阻是本病最常见的并发症，主要发生在增生型肠结核，往往系常闭环状狭窄和腹膜粘连，肠系膜挛缩，常伴扭曲变形引起。梗阻慢性进行性以不完全性肠梗阻多见，轻重不一，少数可发展为完全性肠梗阻。肠穿孔是第二点，主要为亚急性慢性穿孔，可在腹腔内形成脓肿，破溃后形成肠瘘。急性穿孔较少见，常发生在梗阻近端极度扩张的肠曲，严重者可因肠穿孔并发腹膜炎和感染性休克而致死。
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克罗恩病，本病的临床表现x线及内镜所见肠和肠结核酷似，必须仔细鉴别。二，右侧结肠癌，发病年龄大常在四十岁以上，一般无发热、盗汗等结核毒血症表现，x线检查主要见钡剂充盈缺损，病变局限在结肠，结肠镜检查及活检可以确定结肠癌的诊断。三，阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿，既往有相应的感染史，以脓血便常见，便常规检查发现有关病原体，结肠镜检查多有助于鉴别诊断，相应的特效治疗有效。四，其他肠结核，有时还应当与肠恶性淋巴瘤以及一些少见的感染性肠病，例如非典型分枝杆菌、性病性淋巴肉芽肿、梅毒侵犯肠道、肠放线菌病等相鉴别，以发热为主要表现者须与伤寒等长期发热性疾病鉴别。
克罗恩病和肠结核的临床症状有相似之出。这两个疾病可以从以下方面进行鉴别诊断。第一，临床症状的差异性。肠结核发生时会有大便性状改变，腹痛伴有肠梗阻，但是肠结核往往也伴有呼吸系统的感染，特别是导致肺结核，而克罗恩病多不会出现呼吸系统的疾病。第二，从实验室检查结果来进行的鉴别诊断。如果是结核感染，那么结核分枝杆菌是阳性的，进行PPD试验阳性。克罗恩病是一种非特异性炎性肠病，进行这个检查时是阴性的。第三，进行肠镜检查鉴别诊断，克罗恩病发生时，肠镜检查溃疡多是结段性的不对称性分布，呈现纵型的溃疡病灶，呈现鹅卵石样，而肠结核患者在镜下溃疡多是环形比较深的，边缘呈锯齿状会伴有回盲瓣以及局部肠管的变形。
肠结核腹膜炎鉴别诊断主要有以下几点：一、以腹水为主要的表现者，需要与腹腔恶性肿瘤、肝硬化腹水、结缔组织病等鉴别。二、以腹部不包块为主要表现者，需要与腹部肿瘤、克罗恩病等相鉴别。三、以发热为主要表现者，需要与长期发热的其他疾病鉴别。四、以急性腹痛为主要表现者，需要与外科急腹症的一些疾病去相关鉴别。
