其主要位于回盲部，即回盲瓣和相邻的回肠和结肠，通常肠壁的淋巴组织可以充血水肿，以及炎症渗出，进一步发展为干酪样的坏死，随后形成溃疡。患者多有开放性的肺结核，因为经常吞咽含有结核分歧杆菌的痰液而引起本病。通常结核分歧杆菌侵犯肠道，主要是经口传播。
肠结核主要由人型结核分枝杆菌引起，侵犯肠道主要是经口感染，患者多存在开放性肺结核或喉结核，因为经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起本病。结核分枝杆菌进入肠道后多数在回盲部引起结核病变，可能与下列因素有关。3、肠结核也可因血行播散引起，见于粟粒型结核或因腹腔内结核病灶，例如女性生殖器结核直接蔓延引起。
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克罗恩病，本病的临床表现x线及内镜所见肠和肠结核酷似，必须仔细鉴别。二，右侧结肠癌，发病年龄大常在四十岁以上，一般无发热、盗汗等结核毒血症表现，x线检查主要见钡剂充盈缺损，病变局限在结肠，结肠镜检查及活检可以确定结肠癌的诊断。三，阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿，既往有相应的感染史，以脓血便常见，便常规检查发现有关病原体，结肠镜检查多有助于鉴别诊断，相应的特效治疗有效。四，其他肠结核，有时还应当与肠恶性淋巴瘤以及一些少见的感染性肠病，例如非典型分枝杆菌、性病性淋巴肉芽肿、梅毒侵犯肠道、肠放线菌病等相鉴别，以发热为主要表现者须与伤寒等长期发热性疾病鉴别。
克罗恩病和肠结核的临床症状有相似之出。这两个疾病可以从以下方面进行鉴别诊断。第一，临床症状的差异性。肠结核发生时会有大便性状改变，腹痛伴有肠梗阻，但是肠结核往往也伴有呼吸系统的感染，特别是导致肺结核，而克罗恩病多不会出现呼吸系统的疾病。第二，从实验室检查结果来进行的鉴别诊断。如果是结核感染，那么结核分枝杆菌是阳性的，进行PPD试验阳性。克罗恩病是一种非特异性炎性肠病，进行这个检查时是阴性的。第三，进行肠镜检查鉴别诊断，克罗恩病发生时，肠镜检查溃疡多是结段性的不对称性分布，呈现纵型的溃疡病灶，呈现鹅卵石样，而肠结核患者在镜下溃疡多是环形比较深的，边缘呈锯齿状会伴有回盲瓣以及局部肠管的变形。
肠结核腹膜炎鉴别诊断主要有以下几点：一、以腹水为主要的表现者，需要与腹腔恶性肿瘤、肝硬化腹水、结缔组织病等鉴别。二、以腹部不包块为主要表现者，需要与腹部肿瘤、克罗恩病等相鉴别。三、以发热为主要表现者，需要与长期发热的其他疾病鉴别。四、以急性腹痛为主要表现者，需要与外科急腹症的一些疾病去相关鉴别。
